Dział Głównego Inwentaryzatora Zbiorów współpracuje z działami muzeum w zakresie: opieki nad zbiorami, ich ewidencją, inwentaryzacją oraz katalogowania. Dział realizuje prawno-formalny proces przyjmowania nowych obiektów do zbiorów oraz nadzoruje ich właściwe ewidencjonowanie. Prowadzi również okresowe kontrole zgodności zapisów inwentarzowych ze stanem faktycznym posiadanych muzealiów.
Dział koordynuje i rejestruje zadania związane z ruchem zewnętrznym i wewnętrznym zbiorów muzealnych – wzajemnymi użyczeniami obiektów między muzeum a innymi instytucjami muzealnymi i wystawienniczymi. Opracowuje i archiwizuje również towarzyszące użyczeniom dokumenty.
Ponadto Dział Głównego Inwentaryzatora Zbiorów zajmuje się organizowaniem i udoskonalaniem form dokumentowania zbiorów, a także moderacją oprogramowania służącego do elektronicznej ewidencji zbiorów muzealnych.